도시를 떠나 시골로 이사 온 11살 사츠키와 4살 메이 자매.
퇴원을 앞둔 엄마의 요양을 위해 공기 맑은 숲 속 집에서 살게 된 어린 자매는 새로운 환경에 대한 호기심과 기대에 들뜬다. 어느날, 언니 사츠키가 학교에 간 사이 혼자 놀고 있던 메이는 조그맣고 이상한 동물을 쫓아 깊은 숲속까지 들어갔다가 도토리나무의 요정인 토토로를 만난다. 한편, 사라진 메이를 찾아 헤매던 사츠키와 아빠는 숲에서 잠든 메이를 발견하고, 잠에서 깨어난 메이는 토토로를 만났다고 자랑하지만 사츠키는 믿지 않는다. 그러나 비가 몹시 쏟아지던 날, 우산을 가지고 아버지를 마중 나갔다가 사츠키도 토토로를 만나게 되고, 그 후 사츠키와 메이 자매에게는 누구도 상상하지 못할 신비하고 재미있는 일들이 벌어지는데...